El Centre

Equipament genètica

© Antoni Costa

Sala blanca per a genètica i biologia molecular

aplicacions

Espai controlat i dissenyat per dur-hi a terme procediments sensibles en condicions estèrils i lliures de contaminants; principalment, està pensat per a tècniques que requereixen alta precisió i puresa, com el maneig i amplificació de mostres ambientals (ADN ambiental i metabarcoding).

descripció

Entorn altament controlat on es regulen la temperatura, humitat i flux de material i persones per minimitzar-hi el risc de contaminació.

característiques principals

  • Superfícies estèrils: materials de construcció no porosos i fàcils de desinfectar per evitar-hi l’acumulació de microorganismes.
  • Zonificació: dividida en àrees de preparació, manipulació i emmagatzematge, amb diferents nivells de restricció segons el grau de neteja que es requeresqui.
  • Ús d’equips específics: accessoris com cabines de flux laminar, campanes de bioseguretat i eines automatitzades per reduir l’exposició a l’ambient.

Seqüenciador de fragments llargs (PromethION P2 Solo d’Oxford Nanopore)

aplicacions

Seqüenciació de fragments llargs d’ADN i ARN.

descripció

El PromethION P2 és un seqüenciador de tercera generació que permet seqüenciar gigabases de dades en poc temps sense amplificar el material.

característiques principals

  • _ Capacitat de dues flow cells que treballen de manera independent o en paral·lel (versió R9.4.1 o R10.4.1).
  • _ Longitud de lectura: des de 20 bases fins a <4 milions de bases.
  • _ Des de 50 GB fins a més de 200 Gb de dades segons la mida de les seqüències i de la versió.
  • _ Es poden multiplexar fins a 96 mostres.
  • _ Es pot modificar la durada d’una execució (run).

Seqüenciador de fragments curts (NextSeq1000 d’Illumina)

aplicacions

Dissenyat per a la seqüenciació massiva paral·lela, permet fer anàlisis de genomes complets, transcriptomes, i estudis de metagenòmica.

descripció

Sistema de seqüenciació per síntesi que empra tecnologia de lectura curta d’Illumina per oferir alta precisió i flexibilitat.

característiques principals

  • Alta capacitat per a projectes petits i mitjans.
  • Genera dades d’alta qualitat amb un temps d’execució reduït.
  • Fàcil integració amb fluxos de treball bioinformàtics.
  • Compatible amb múltiples aplicacions: RNA-Seq, WGS, i epigenòmica.
  • Reducció del cost per base en comparació amb altres sistemes.

Electroforesis capilar (Fragment Analyzer 5200 de Agilent)

aplicacions

Control de qualitat d’àcids nucleics (ADNg, ARNm, llibreries NGS, PCR, etc.).

descripció

El Fragment Analyzer és una tecnologia d’electroforesi capil·lar que permet fer un control de qualitat dels àcids nucleic

característiques principals

  • Anàlisi de 12 mostres/run (un es fa servir per al Ladder).
  • Volum de mostra: 2μl.
  • Temps mitjà: 1 h/run.
  • Resolució fins a 2bp.
  • RNA Quality Number (RQN) puntua ràpidament la integritat de l’ARN total.
  • Diferents paquets disponibles (NGS, Large Fragment DNA, RNA…).

Biomark X9 System for High-Throughput Genomics

aplicacions

Plataforma d’alta capacitat per a la quantificació precisa d’ADN, ARN i proteïnes en estudis d’expressió gènica, genotipificació, epigenètica i anàlisi de biomarcadors en diversos camps, incloent-hi l’ecologia molecular, l’agrogenòmica, la farmacogenòmica, la detecció de patògens o espècies invasores, etc.

descripció

Sistema avançat de microfluídica que permet fer anàlisis genòmiques d’alta resolució i amb multiplexat. Combina eficiència, precisió i escalabilitat en un sol equip. Permet fer, en una sola placa, multiplexats de 48×48 o 96×96 (mostres x parells d’encebadors o sondes) i, si és necessari, la separació posterior d’aquestes per elaborar llibreries Illumina.

característiques principals

  • Alta capacitat: compatible en conjunts de 48 o 96 mostres i fins a 9.216 reaccions en una única execució, ideal per a estudis massius.
  • Tecnologia de microfluids: permet reduir el consum de reactius, i optimitzar costs i temps.
  • Alta sensibilitat: detecció precisa fins i tot de molècules en baixes concentracions, ideal per a estudis amb ADN ambiental (eDNA) i mostres limitades.
  • Programari avançat: inclou eines integrades per a anàlisi de dades, generació de gràfics i maneig de grans conjunts de dades.
  • Automatització: reducció d’errors humans mitjançant sistemes automatitzats de preparació de mostres i anàlisi.
  • Integració fluida: compatible amb bases de dades genòmiques i fluxos de treball bioinformàtics estàndard.

Digital (QuantStudio Q de Applied Biosystems)

aplicacions

Quantificació precisa de molècules d’ADN i ARN en estudis d’expressió genètica, detecció de mutacions i anàlisi de còpia de gens.

descripció

Mètode de PCR que particiona les mostres en milers de reaccions individuals per millorar la sensibilitat i precisió.

característiques principals

  • Detecta i quantifica molècules amb precisió absoluta.
  • Alta sensibilitat per a detecció de variants rares.
  • Menor interferència per inhibidors de PCR.
  • Ideal per a estudis clínics i ambientals.

Molí criogènic (Cryomill de Retsch)

aplicacions

Molta de múltiples mostres biològiques a -196 °C utilitzant nitrogen líquid.

descripció

El Cryomill permet moldre una varietat de mostres biològics (p. e., teixits d’animals o plantes). El nitrogen líquid se subministra contínuament per mantenir la temperatura a -196 °C. Aquesta temperatura permet moldre en pols fina fins i tot mostres complicades (fusta, os, molt poc material, etc.) i permet protegir-ne l’ADN i l’ARN per a extraccions d’alta qualitat.

característiques principals

  • Anàlisi de 6 mostres/run.
  • Freqüència de vibració de fins a 30 Hz.
  • Tres opcions de molta: criogènica, seca/humida i temperatura ambiental.

Fragmentador d’àcids nucleics (MegaRuptor 3 de Diagenode)

aplicacions

Fragmentació d’ADN per a preparació de biblioteques en seqüenciació de tercera generació i genòmica estructural.

descripció

Equip especialitzat a generar fragments d’ADN de mides definides, ideal per a projectes amb tecnologies de PacBio i Oxford Nanopore.

característiques principals

  • Capacitat de fragmentar ADN de manera uniforme des de 2 kb fins a 75 kb.
  • Sistema tancat per minimitzar contaminació creuada.
  • Alta reproductibilitat entre execucions.
  • Compatible amb mostres d’ADN d’alta i baixa concentració.

Sonicador d’àcids nucleics (BioRuptor Pic de Diagenode)

aplicacions

Disrupció cel·lular, fragmentació d’ADN/ARN i sonicació de mostres per a preparació de biblioteques.

descripció

Sistema ultrasònic que utilitza energia de baixa intensitat per fragmentar àcids nucleics de manera precisa.

característiques principals

  • Fragmentació uniforme en rangs de 150–500 pb.
  • Adequat per a múltiples mostres simultàniament (fins a 16 tubs).
  • Control de temperatura integrat per evitar degradació.
  • Compatible amb aplicacions com ChIP-Seq i metagenòmica.

Sistema de selecció d’ADN per mida (BluePippin de Sage Science)

aplicacions

Separació precisa de fragments d’ADN per mida, utilitzat en la preparació de biblioteques per a seqüenciació de tercera generació.

descripció

Sistema automatitzat que utilitza electroforesi per seleccionar fragments d’ADN de mida específica.

característiques principals

  • Compatible amb fragments de fins a 50 kb.
  • Ideal per a aplicacions com PacBio i Nanopore.
  • Alta resolució i rendiment reproduïble.
  • Configuració senzilla amb cartutxos preinstal·lats.

Robot de pipeteig (Assist Plus de Integra)

aplicacions

Automatitza protocols de pipeteig per a experiments d’alt rendiment en genòmica i preparació de la biblioteca

descripció

Sistema robotitzat que permet realitzar tasques de pipeteig amb alta precisió i sense intervenció manual constant

característiques principals

  • Compatible amb diferents formats de plaques (96/384 pous).
  • Ajustaments per treballar amb diferents viscositats de líquids.
  • Configuració senzilla i intuïtiva per a protocols personalitzats.
  • Augmenta la reproductibilitat en minimitzar errors humans.

Campana PCR UVC/T-AR de BioSan

aplicacions

Protecció de mostres durant reaccions de PCR i minimització de contaminació creuada.

descripció

Campana equipada amb llum UV per a descontaminació i ambient estèril durant la manipulació de mostres.

característiques principals

  • Làmpades UV integrades per a descontaminació abans i després del seu ús.
  • Ventilació controlada per reduir aerosols i partícules.
  • Disseny ergonòmic i compacte.
  • Adequat per a PCR i treball amb àcids nucleics.

Cabina de flux laminar (H120 de Alpina)

aplicacions

Creació d’un ambient lliure de contaminants per manipular mostres sensibles en genòmica i microbiologia.

descripció

Cabina amb flux d’aire laminar unidireccional que protegeix les mostres de contaminants externs.

característiques principals

  • Filtres HEPA per garantir aire estèril.
  • Disseny compacte i baix consum energètic.
  • Il·luminació LED interna per facilitar la feina.
  • Panells transparents per a una visualització òptima.

Cambra de descontaminació UV-C de Purion

aplicacions

Esterilització ràpida d’equips i materials de laboratori, incloent-hi pipetes i eines moleculars.

descripció

Cambra tancada amb làmpades UV-C per eliminar microorganismes i contaminants del laboratori.

característiques principals

  • Tecnologia UV-C de doble làmpada per a més eficàcia.
  • Capacitat per esterilitzar múltiples objectes simultàniament.
  • Temporitzador ajustable segons les necessitats de l’usuari.

Espectrofotòmetre (NP80 Mobile d’IMPLEN)

aplicacions

Quantificació d’àcids nucleics i proteïnes, i avaluació de puresa en mostres d’ADN, ARN i proteïnes.

descripció

Espectrofotòmetre per a mesuraments ràpids i confiables en laboratori.

característiques principals

  • Ampli rang de detecció de concentracions.
  • Interfície tàctil intuïtiva i connectivitat mòbil.
  • No requereix reactius addicionals (microvolums).
  • Alta precisió amb tecnologia de feix de llum directe.

Fluorímetre (Qubit Flex d’Invitrogen)

aplicacions

Quantificació precisa d’ADN, ARN i proteïnes mitjançant mètodes fluorescents en estudis moleculars.

descripció

Equip dissenyat per mesurar concentracions baixes de biomolècules utilitzant sondes fluorescents específiques.

característiques principals

  • Alta sensibilitat, especialment en concentracions d’ADN/ARN baixes.
  • Fins a 8 mostres simultànies per a més eficiència.
  • Interfície digital amigable i connectivitat a bases de dades.
  • Compatible amb jocs Qubit per a diferents tipus d’anàlisis.

ThermoMixer C d’Eppendorf

aplicacions

Incubació i mescla simultània de mostres per optimitzar reaccions moleculars com PCR, digestió enzimàtica i preparació de biblioteques.

descripció

Equip versàtil que combina funcions de mescla i control de temperatura en un únic dispositiu.

característiques principals

  • Rang de temperatura ampli (de 4 °C a 100 °C).
  • Adaptadors intercanviables per a diferents tipus de tubs i plaques.
  • Mescla homogènia amb velocitat ajustable.
  • Pantalla digital intuïtiva per programar i monitorar experiments.

Sistema d’imatge de gel (GelDoc Go de BioRad)

aplicacions

Captura d’imatges de gels d’electroforesi per a anàlisi d’ADN, ARN i proteïnes.

descripció

Sistema compacte dissenyat per documentar i analitzar bandes fluorescents o tenyides en gels.

característiques principals

  • Compatible amb colorants fluorescents i no fluorescents (EtBr, SYBR, etc.).
  • Interfície fàcil d’usar amb programari integrat per a anàlisis.
  • Resolució d’imatge d’alta qualitat.
  • Disseny compacte i eficient per a laboratoris amb espai limitat.

Termocicladors 94/384 pouets (Biometra TAdvanced de Analytik Jena)

aplicacions

Amplificació per PCR i incubació.

descripció

Aquesta termocicladora permet amplificació per PCR. Tenim un mòdul per a plaques de 96 i 384 mostres.

característiques principals

  • Blocs d’alumini.
  • Es poden fer servir tubs de 0,2 ml, strips de 8 tubs i plaques de 96 o de 384 mostres.
  • Rang de temperatura: des de 4 °C fins a 99.9 °C.
  • Té funció gradient entre 20 °C i 99 °C.
  • Precisió: +/- 0,1 °C.

Centrífugues refrigerades (5418R i 5430R d’Eppendorf)

aplicacions

Centrifugat a temperatura ambient i en fred.

descripció

Maneig de mostres en tubs de diferents mides i plaques amb rotor basculant.

característiques principals

  • Rotors per a fins a 48 tubs d’1,5/2 ml de fons cònic.
  • Rotors per a dues plaques MTP amb rotor basculant.
  • Funcionament opcional a 4 ºC i fins a 17.500 rpm (30.130 g).