Del 6 al 9 de maig de 2024
Curs d’assemblatge i preparació de genomes de referència per a l’Earth Biogenome Project
L’Earth Biogenome Project (EBP) aspira a seqüenciar, assemblar, catalogar i caracteritzar el genoma de totes les espècies d’eucariotes a la Terra. Això és possible gràcies a avenços substancials que han tengut lloc en els darrers anys, tant en el camp de les tecnologies de seqüenciació com en el dels recursos i eines bioinformàtiques. Els assemblatges de genomes generats com a part de l’EBP han de complir certs estàndards de qualitat per assegurar-ne la contigüitat, precisió, que estiguin sencers i que hi hagi representació cromosòmica. En aquest curs de 4 dies ens centrarem en com s’han d’obtenir assemblatges de gran qualitat a nivell cromosòmic, i mostrarem com es produeix assemblatge de genomes amb fragments llargs i dades Hi-C. Cobrirem totes les passes necessàries per produir i avaluar un assemblatge de genoma, i posarem especial atenció a la passa de tractament manual.