2024
Curs de models de distribució d’espècies en R – Matricula-t’hi!
Aquest curs està destinat a estudiants, investigadors/es i persones interessades a crear mapes per entendre com el canvi climàtic podria afectar la distribució de les espècies d’estudi. Hi aprendrem a descarregar dades d’ocurrència d’espècies en repositoris en línia de biodiversitat (com GBIF), a descarregar i visualitzar mapes amb variables climàtiques en format GIS, i a programar i entendre quins tipus d’algorismes existeixen per a la modelització de nínxols ecològics (ENM) en R.
24/09/2024 al 27/09/2024
9h al 15h
Edifici Complex I+D, ParcBit
Personal docent
Sara Varela González (Universidade de Vigo)
Sofía Galván Arcones (Universidade de Vigo)
Inscripcions: https://fueib.org/ca/uibtalent/238/formacion/curso/1266/models-de-distribucio-despecies-en-r
En aquest curs, els participants aprendran els fonaments de la teoria de la genètica de poblacions i com es pot aplicar per fer inferències sobre els processos poblacionals i la història de les espècies. Estudiaran com canvien els patrons de diversitat genètica al llarg del temps i els processos subjacents. A més, analitzaran els processos microevolutius i l’impacte que tenen en la diversitat de les espècies, i com es pot conèixer la història de les espècies. L’objectiu és entendre que els processos evolutius generen pautes i canvis que afecten la diversitat biològica al llarg del temps i de l’espai. El segon mòdul del curs explorarà un dels mètodes principals per investigar la diversitat genètica en poblacions amb disponibilitat limitada o nul·la de genomes de referència RAD-seq (seqüenciació d’ADN associada al lloc de restricció). En aquest curs de tres dies, els participants aprendran a generar i analitzar dades RAD-seq i aplicar mètodes comuns de genètica de poblacions.
02/09/2024 al 06/09/2024
9h al 16h
Edifici Complex I+D, ParcBit
Personal docent
Narjes Yousefi (University of Zurich)
Hans Kristen Stenøien (Norwegian University of Science and Technology)
Flyer Curs d’ introducció a la teoria de la genètica de poblacions i l’anàlisi de dades rad-seq
Seminari: Per què és tan important la taxonomia?
La taxonomia és la base de totes les ciències biològiques i la identificació correcta és essencial. El nom d’una espècie ens permet cercar a les bases de dades o fonts de literatura i poder recuperar la informació publicada sobre aquesta espècie, com ara la distribució, l’ecologia, les dades genètiques, etc. No obstant això, moltes espècies, especialment entre els invertebrats, no estan descrites. La taxonomia no és una ciència estàtica. En el medi marí, a mesura que tornem a examinar algunes espècies descrites anteriorment, trobem que en realitat representen conjunts d’espècies que es poden resoldre mitjançant caràcters moleculars i morfològics addicionals. És realment important que els taxònoms treballin estretament amb altres biòlegs ja sigui dins d’una institució com entre elles, a nivell nacional i/o internacional. Les col·leccions dels museus són de vital importància per documentar la biodiversitat. Les col·leccions ben organitzades i amb bases de dades són importants a nivell nacional per documentar els canvis en les distribucions amb el canvi climàtic o distingir entre espècies natives i introduïdes, per exemple. Estem davant d’un moment crític per a la taxonomia en què molts museus estan experimentant una reducció del finançament i, per tant, la pèrdua de posicions. Això desanima els estudiants de dur a terme investigacions taxonòmics si no poden veure cap carrera professional.
26/06/2024
11h
Sala de seminarios del Complex de Recerca del Parc Bit
Dra. Pat Hutchings https://www.researchgate.net/profile/Pat-Hutchings
Curs d’ introducció a l’anàlisis de biodiversitat a R
La riquesa i la diversitat d’espècies exhibeixen una variabilitat temporal i espacial influïda per factors ambientals i històrics. Aquest curs té com a objectiu familiaritzar els participants amb les metodologies fonamentals aplicables en el llenguatge de programació R per a la recerca de la biodiversitat. Després d’un breu repàs del curs introductori anterior sobre R, els objectius principals són (1) esclarir models estadístics comuns pertinents a les investigacions de biodiversitat, incloent les seves suposicions subjacents i aplicació pràctica, i (2) aprendre l’ús de dades basades en ADN (per exemple, filogènies) per abordar preguntes rellevants dins de la recerca de la biodiversitat.
17/06/2024 al 19/06/2024
10h al 17h
Edifici Antoni Maria Alcover UIB
Personal docent
Diego Fontaneto (CNR)
Inscripcions: https://fueib.org/ca/uibtalent/238/formacion/curso/1211/introduccio-a-lanalisi-de-la-biodiversitat-a-r
Flyer del curs d’introducció a l’anàlisis de biodiversitat a R
Curs d’assemblatges i tractament de genomes de referència per a l’Earth Biogenome Project
Earth Biogenome Project (EBP) aspira a seqüenciar, acoblar, catalogar i caracteritzar el genoma de totes les espècies d’eucariotes en la Terra. Això és possible gràcies a avenços substancials que han tingut lloc en els darrers anys, tant en el camp de les tecnologies de seqüenciació com en el dels recursos i eines bioinformàtiques. Els assemblatges de genomes generats com a part de l’ EBP han de complir certs estàndards de qualitat per assegurar la seva contigüitat, precisió, que estiguin sencers i que hi hagi representació cromosòmica. En aquest curs de 4 dies ens enfocarem en com obtenir acoblaments de gran qualitat a nivell cromosòmic, mostrant com produir assemblatge de genomes amb fragments llargs i dades Hi-C. Cobrirem tots els passos necessaris per produir i avaluar un assemblatge de genoma, posant especial atenció al pas de tractament manual.
06/05/2024 al 09/05/2024
10h al 17h
Edifici complex M2 (Carrer Blaise Pascal, 7, Parc Bit)
Personal docent
Tyler Alioto (CNAG)
Jèssica Gómez-Garrido (CNAG)
Asistencia de Karen Schöninger (CBB-UIB)
Flyer del curs d’assemblatges i tractament de genomes de referència per a l’Earth Biogenome Project
Curs d’ introducció a la seqüenciació amb Nanopore: fonaments i anàlisis
En aquest curs oferim una visió general de la seqüenciació amb Nanopore, emfatitzant l’aplicació d’aquesta tecnologia en l’estudi de l’assemblatge de genomes, seqüenciació de zones concretes enriquides en el laboratori o informaticament, estudis d’amplicons i obrint altres possibilitats com seqüenciació directa d’ ARN o detecció de canvis epigenètics. El curs inclou xerrades teòriques, demostracions de laboratori de la preparació de llibreries i carregament de la flowcell per a la seqüenciació, així com les diferents eines bioinformàtiques per l’utilització de les dades generades per Nanopore.
15/04/2024 al 17/04/2024
9:30h al 13:30h
Edifici Antoni Maria Alcover UIB
Personal docent
Dr. Ramón Gallego Simón (UAM)
Ana Isabel Ramón-Laca (MNCN – CSIC)
Asistencia de Lluís Moragues y Laura Triginer (CBB-UIB)
Flyer del curs d’ introducció a la seqüenciació amb Nanopore: fonaments i anàlisis
Curs d’ introducció a la filogènia
Aquest curs introductori a la filogènia està concebut per dotar als assistents d’una base sòlida en els conceptes essencials de la filogenètica, i proporcionar-los les eines necessàries per analitzar de manera autònoma les relacions evolutives entre organismes. Al llarg del curs, els participants coneixeran els tipus de dades emprades en estudis filogenètics, l’estructura i el maneig dels diferents formats d’arxiu, així com els principals mètodes d’alineament de seqüències. S’exploraran diversos models evolutius que fonamenten els mètodes d’inferència d’arbres filogenètics, entre els quals s’ inclouen la Màxima Parsimònia, la Màxima Versemblança, i els mètodes Bayesians.
08/04/2024 al 11/04/2024
9h al 17h
Edifici Antoni Maria Alcover UIB
Personal docent
Dr. José Antonio Jurado Rivera (UIB)
Dr. Joan Pons Pons (IMEDEA, CSIC-UIB)
Inscripció: https://fueib.org/ca/uibtalent/238/formacion/curso/1192/introduccion-a-la-filogenia
Curs de introducció a la gestió de mostres i dades de col·leccions d’història natural
Curs d’introducció als procediments bàsics per a la presa de dades i mostres. Es posarà èmfasi als mètodes de preparació i de conservació de mostres, a la gestió de les dades i es presentaran els portals de biodiversitat (GBIF, Biodibal i CBBapp). Aquest curs està dissenyat per proporcionar una base sòlida en aquestes àrees fonamentals de la recerca científica i de la conservació de la biodiversitat. Durant els tres dies, s’introduiran les tècniques bàsiques per a la conservació de mostres terrestres i aquàtiques, així com la gestió adequada de les dades associades a aquestes mostres. El curs proporcionarà els protocols i les eines necessàries per obtenir mostres de manera precisa i sistemàtica en diferents entorns.
12/03/2024 al 14/03/2024
9h al 14h
Edifici Antoni Maria Alcover UIB
Personal docent
Anna Díaz Lorca (CBB-UIB)
María del Puerto Barroso (CBB-UIB)
Tommaso Cancellario (CBB-UIB)
Samuel Piña (UIB)
Flyer del curs de introducció a la gestió de mostres i dades de col·leccions d’història natural
Curs de introducció a R i Bash
L’objectiu d’aquest curs és dotar als participants d’eines bàsiques per a l’exploració de dades i el desenvolupament de seqüències pròpies i comandes. Durant el curs, s’exploraran alguna de les comandes i objectes més emprats a l’anàlisi de dades en dos llenguatges de programació: R i Bash. Després d’una breu introducció sobre els dos llenguatges i una explicació sobre les seves diferències, l’atenció es centrarà a la resolució pràctica d’exemples reals de descripció i manipulació de dades.
20/02/2024 al 23/02/2024
9h al 13h
Edifici Antoni Maria Alcover UIB (Aula 5A)
Personal docent
Tommaso Cancellario (CBB-UIB)
Laura Triniger (CBB-UIB)
Karen Schöninger (CBB-UIB)
Inscripció: https://fueib.org/es/uibtalent/238/formacion/curso/1151/introduccio-a-r-i-bash
2023
Taller “Fundamentos de programación y Bioinformática”
Del 3 al 4 de juliol de 2023 el CBB va organitzar el taller “Fundamentos de programación y Bioinformática” amb l’objectiu de donar eines bàsiques per l’exploració de dades i el desenvolupament de seqüències pròpies i comandaments. Durant el taller es va examinar alguns dels comandaments més emprats en l’anàlisi de dades en els tres diferents llenguatges de programació: R, Phyton i Bash. El taller fou impartit per en Tommaso Cancellario, Científic de dades i na Laura Triginer, Bioinformàtica, del Centre Balear de Biodiversitat, de la UIB.